在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
1、进入Ubuntu桌面后，打开终端，快捷键为ctrl+alt+T。
2、打开终端后，使用cd命令进入到要修改的文件的目录，如图进入到 /home/cdh/myFolder(相当于~/myFolder)目录，该目录下有两个文件。
3、终端修改txt文件可以使用mv或cp命令。先用mv命令修改文件名，例如我想将 test.txt 修改为 new.txt，则命令为udo mv test.txt new.txt，修改后结果如图。
4、使用cp命令则是通过复制原文件来修改命名。例如想将localFile.py修改为new.py，则命令为sudo cp localFile.py new.py如果想将原文件删除，则再输入命令sudo rm localFile.py 即可。
5、想修改文件夹命名也是使用mv命令。如图，我先输入 cd ../ 退出上一个目录。如果想将文件夹 myFolder 修改为 newFolder，则命令为sudo rm myFolder newFolder。
1、首先，连接相应linux主机，进入到linux命令行状态下，等待输入shell指令。
2、其次，在linux命令行中输入：rename 1.txt 2.txt 1.txt，即可将1.txt重命名为2.txt。
3、接着，输入：vi 2.txt。
4、最后，按下回车，此时成功进到文件的vi编辑模式中，可对文件进行编辑。
cat命令用于查看纯文本文件(较短的)：
$ cat [选项] 文件
以下是cat命令常用的3个选项：
(1) $ cat -n 文件
-n 表示显示行号。
(2) $ cat -b 文件
-b 表示显示行号，但是不包括空行。
(3) $ cat -A 文件
-A 表示显示出不可见的符号，如空格、tab键等。
more命令用于查看纯文本文件(较长的)：
$ more [选项] 文件
more命令常用的一个参数是"- 数字"，表示预先显示的行数，默认是一页：
$ more -10 文件
head命令用于查看纯文本文档的前N行：
$ head [选项] 文件
(1) $ head -n 10 文件
这个命令表示显示文件的前10行。
(2) $ head -n -10 文件
这个命令表示正常输出，但是不显示最后的10行。
tail命令用于查看纯文本文档的后N行：
$ tail [选项] [文件]
例如，显示文件/etc/passwd的后10行：
$ tail -n 10 /etc/passwd
wc命令用于统计指定文本的行数、字数、字节数：
$ wc [参数] 文本
(1) $ wc -l 文本
-l 参数表示只显示行数。
(2) $ wc -w 文本
-w 参数表示只显示单词数。
(3) $ wc -c 文本
-c 参数表示只显示字节数。
一、vi编辑器有3种基本工作模式
分别是：命令模式、文本输入模式、和末行模式。
第一：命令行模式：
该模式是进入vi编辑器后的默认模式。任何时候，不管用户处于何种模式，按下ESC键即可进入命令模式。在该模式下，用户可以输入vi命令，用户管理自己的文档。此时从键盘上输入的任何字符都被当作编辑命令来解释。若输入的字符是合法的vi命令，则vi在接受用户命令之后完成相应的动作。但需要注意的是，所输入的命令并不回显在屏幕上。若输入的字符不是vi命令，vi会响铃报警。
第二：文本输入模式：
在命令模式下输入命令i、附加命令a、打开命令o、修改命令c、取代命令r或替换命令s都可以进入文本输入模式。在该模式下，用户输入的任何字符都被vi当作文件内容保护起来，并将其显示在屏幕上。在文本输入过程中，若想回到命令模式下，按ESC键即可。
第三：末行模式：
末行模式也称ex转义模式。在命令模式下，用户按“：”键即可进入末行模式下，此时vi会在显示窗口的最后一行（通常也是屏幕的最后一行）显示一个“：”作为末行模式的说明符，等待用户输入命令。多数文件管理命令都是在此模式下执行的（如把编辑缓冲区的内容写到文件中等）。末行命令在执行完后，vi自动回到命令模式。如果要从命令模式转换到编辑模式，可以键入a或者i。如果需要从文本模式返回，则按ESC即可。在命令模式下输入“:”即可切换到末行模式，然后输入命令。
实例演示
首先我们使用命令 vi filename 打开一个文件，这个时候进入到的是命令模式
接下来我们按i，然后键盘随便输入写内容。
然后按ESC重新进入到命令模式。
在命令模式的情况下，我们按：，进入到了末行模式。
我们输入wq!，然后回车，强行保存退出。
下次我们再打开对应文件（可用less filename命令打开），即可看到内容已经更改。
补充：
（1）末行模式下：q! 【强制退出不保存】 q【退出不保存】 wq【退出并保存后面也可以加个！】
（2）如果你不想保存直接退出有可以在命令模式下使用“ctrl+z”快捷键或者按住“shift”键，输入两个z即可退出。
更多命令
进入vi的命令：
vi filename :打开或新建文件，并将光标置于第一行首
vi +n filename ：打开文件，并将光标置于第n行首
vi + filename ：打开文件，并将光标置于最后一行首
vi +/pattern filename：打开文件，并将光标置于第一个与pattern匹配的串处
vi -r filename ：在上次正用vi编辑时发生系统崩溃，恢复filename
vi filename….filename ：打开多个文件，依次进行编辑
屏幕翻滚类命令：
Ctrl+u：向文件首翻半屏
Ctrl+d：向文件尾翻半屏
Ctrl+f：向文件尾翻一屏
Ctrl＋b；向文件首翻一屏
nz：将第n行滚至屏幕顶部，不指定n时将当前行滚至屏幕顶部。
插入文本类命令：
i ：在光标前
I ：在当前行首
a：光标后
A：在当前行尾
o：在当前行之下新开一行
O：在当前行之上新开一行
r：替换当前字符
R：替换当前字符及其后的字符，直至按ESC键
s：从当前光标位置处开始，以输入的文本替代指定数目的字符
S：删除指定数目的行，并以所输入文本代替之
ncw或nCW：修改指定数目的字
nCC：修改指定数目的行
删除命令：
ndw或ndW：删除光标处开始及其后的n-1个字
do：删至行首
d$：删至行尾
ndd：删除当前行及其后n-1行
x或X：删除一个字符，x删除光标后的，而X删除光标前的
Ctrl+u：删除输入方式下所输入的文本
搜索及替换命令：
/pattern：从光标开始处向文件尾搜索pattern
?pattern：从光标开始处向文件首搜索pattern
n：在同一方向重复上一次搜索命令
N：在反方向上重复上一次搜索命令
：s/p1/p2/g：将当前行中所有p1均用p2替代
：n1,n2s/p1/p2/g：将第n1至n2行中所有p1均用p2替代
：g/p1/s//p2/g：将文件中所有p1均用p2替换
撤销回退命令：
u 撤销上一步的操作
Ctrl+r 恢复上一步被撤销的操作
选项设置：
all：列出所有选项设置情况
term：设置终端类型
ignorance：在搜索中忽略大小写
list：显示制表位(Ctrl+I)和行尾标志（$)
number：显示行号
report：显示由面向行的命令修改过的数目
terse：显示简短的警告信息
warn：在转到别的文件时若没保存当前文件则显示NO write信息
nomagic：允许在搜索模式中，使用前面不带“\”的特殊字符
nowrapscan：禁止vi在搜索到达文件两端时，又从另一端开始
mesg：允许vi显示其他用户用write写到自己终端上的信息
末行模式命令：
：n1,n2 co n3：将n1行到n2行之间的内容拷贝到第n3行下
：n1,n2 m n3：将n1行到n2行之间的内容移至到第n3行下
：n1,n2 d ：将n1行到n2行之间的内容删除
：w ：保存当前文件
：e filename：打开文件filename进行编辑
：x：保存当前文件并退出
：q：退出vi
：q!：不保存文件并退出vi
：wq：保存并退出
：!command：执行shell命令command
：n1,n2 w!command：将文件中n1行至n2行的内容作为command的输入并执行之，若不指定n1，n2，则表示将整个文件内容作为command的输入
：r!command：将命令command的输出结果放到当前行
寄存器操作：
“?nyy：将当前行及其下n行的内容保存到寄存器？中，其中?为一个字母，n为一个数字
“?nyw：将当前行及其下n个字保存到寄存器？中，其中?为一个字母，n为一个数字
“?nyl：将当前行及其下n个字符保存到寄存器？中，其中?为一个字母，n为一个数字
“?p：取出寄存器？中的内容并将其放到光标位置处。这里？可以是一个字母，也可以是一个数字
ndd：将当前行及其下共n行文本删除，并将所删内容放到1号删除寄存器中。
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