在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
1、文件与文件夹（目录）操作命令
1）rm:删除命令
例：$ rm -i 文件名-------------有询问“Y/N”； rm -r 文件名 ---------------删除该文件夹和子目录下的所有文件；
例：$ rm -f 文件名------------- 直接删除，不询问
2) mv:移动目录或文件，还可以重命名
例：$ mv text /zzz -------------将text移动到zzz目录下；
例：$ mv text zzz ---------------text重命名为zzz
3) mkdir:创建路径和删除路径,创建目录
例：$ mkdir zzz -------------在当前目录下创建zzz的目录；
例：$ rmdir zzz ---------------删除目录zzz
4) touch :创建空文件
例：$ touch zzz.xx ----------------创建文件名是zzz.xx的文件
5）cat :查看文件内容
例：$ cat zzz.xx -----------------查看文件zzz.xx中的内容
6）tail :监视文件尾部内容，默认10行
例：$ tail -n 20 -f zzz.xx -----------查看文件zzz.xx的尾部20行内容
7）cp :复制
例：$ cp a.xx b -------将a.xx文件复制到b目录（文件夹）下
8）scp :拷贝文件
例：$ scp -i zzz.xx root@192.168.1.35:/xxx/xxxx/ -----------------从一台虚拟机上将文件zzz.xx拷贝到另外一台35的虚拟机的指定目录下；
例：$ scp -r zzz root@192.168.1.35:/xxx/xxxx/ -----------------从一台虚拟机上将文件夹（目录）zzz拷贝到另外一台35的虚拟机的指定目录下
9）chmod :给文件赋权限
例：$ chmod 777 zzz.xx 给zzz.xx文件增加可执行的权限2、查看端口号的命令 ： netstat -antpl
3、查看正在执行的进程的命令 ： ps -ef
4、强制杀死xxxx该进程的命令 ：kill - 9 xxxx
5、配置Java环境变量的命令:
先执行---- vi /etc/profile 配置结束执行------- socrce /etc/profice 然后执行-------cat /etc/profile进行查看，用java -version查看Java版本
6、df -h ----------------是查看磁盘容量的使用情况
必要参数：
-a 全部文件系统列表
-h 方便阅读方式显示
-H 等于“-h”，但是计算式，1K=1000，而不是1K=1024
-i 显示inode信息
-k 区块为1024字节
-l 只显示本地文件系统
-m 区块为1048576字节
--no-sync 忽略 sync 命令
-P 输出格式为POSIX
--sync 在取得磁盘信息前，先执行sync命令
-T 文件系统类型
选择参数：
--block-size=区块大小 指定区块大小
-t文件系统类型 只显示选定文件系统的磁盘信息
-x文件系统类型 不显示选定文件系统的磁盘信息
--help 显示帮助信息
--version 显示版本信息
“df -h”这条命令再熟悉不过。以更易读的方式显示目前磁盘空间和使用情况。
“df -i” 以inode模式来显示磁盘使用情况。
7、网络命令
1）ifconfig :查看用户网络配置。它显示当前网络设备配置。补充：Windows 用的是 ipconfig
2）ping 将数据包发向用户指定地址。当包被接收，目标机器发送返回数据包。ping 主要有两个作用：
用来确认网络连接是畅通的。
用来查看连接的速度信息。
就是list的缩写，通过ls 命令不仅可以查看linux文件夹包含的文件，而且可以查看文件权限(包括目录、文件夹、文件权限)看目录信息等等
常用参数搭配：
实例：
(changeDirectory),命令语法：cd [目录名]。说明：切换当前目录至dirName
实例：
查看当前工作目录路径
实例：
创建文件夹
实例：
删除一个目录中的一个或多个文件或目录，如果没有使用- r选项，则rm不会删除目录。如果使用rm 来删除文件，通常仍可以将该文件恢复原状
rm [选项] 文件…
常用参数搭配：
实例：
删除空目录，一个目录被删除之前必须是空的。（注意，rm -r dir 命令可以代替rmdir,但是很危险，万一它突然就不是空的咧？），另外删除某目录时必须具有对父目录的写权限。
实例：
rmdir -p watch/avi删掉avi目录，watch目录就空掉了，那还看什么？所以干脆把watch目录一起删掉，眼不见为不净嘛。
mv命令是move的缩写，可以用来移动文件或者将文件改名，是Linux系统下常用的命令，经常用来备份文件或者目录。
命令功能：
视mv命令中第二个参数类型的不同（是目标文件还是目标目录），mv命令将文件重命名或将其移至一个新的目录中。当第二个参数类型是文件时，mv命令完成文件重命名，此时，源文件只能有一个（也可以是源目录名），它将所给的源文件或目录重命名为给定的目标文件名。当第二个参数是已存在的目录名称时，源文件或目录参数可以有多个，mv命令将各参数指定的源文件均移至目标目录中。在跨文件系统移动文件时，mv先拷贝，再将原有文件删除，而链至该文件的链接也将丢失。
命令参数：
实例：
将源文件复制至目标文件，或将多个源文件复制至目标目录。
注意：命令行复制，如果目标文件已经存在会提示是否覆盖，而在shell脚本中，如果不加-i参数，则不会提示，而是直接覆盖！
命令参数：
实例：
cat主要有三大功能：
命令参数：
实例：
功能类似于cat, more会以一页一页的显示方便使用者逐页阅读，而最基本的指令就是按空白键（space）就往下一页显示，按 b 键就会往回（back）一页显示
命令参数：
常用操作命令：
实例：
less 与 more 类似，但使用 less 可以随意浏览文件，而 more 仅能向前移动，却不能向后移动，而且 less 在查看之前不会加载整个文件。
命令参数:
实例：
head 用来显示档案的开头至标准输出中，默认head命令打印其相应文件的开头10行。
常用参数：
实例：
从指定点开始将文件写到标准输出。使用tail命令的-f选项可以方便的查阅正在改变的日志文件，tail -f filename会把filename里最尾部的内容显示在屏幕上，并且不断刷新，使你看到最新的文件内容。
常用参数：
实例：
用于改变linux系统文件或目录的访问权限。该命令有两种用法。一种是包含字母和操作符表达式的文字设定法；另一种是包含数字的数字设定法。
每一文件或目录的访问权限都有三组，每组用三位表示，分别为文件属主的读、写和执行权限；与属主同组的用户的读、写和执行权限；系统中其他用户的读、写和执行权限。可使用ls -l test.txt查找。
以文件log2012.log为例：
-rw-r--r-- 1 root root 296K 11-13 06:03 log2012.log
第一列共有10个位置，第一个字符指定了文件类型。在通常意义上，一个目录也是一个文件。如果第一个字符是横线，表示是一个非目录的文件。如果是d，表示是一个目录。从第二个字符开始到第十个共9个字符，3个字符一组，分别表示了3组用户对文件或者目录的权限。权限字符用横线代表空许可，r代表只读，w代表写，x代表可执行。
常用参数：
权限范围：
权限代号：
实例：
tar命令是类Linux中比价常用的解压与压缩命令。
常用参数：
-c: 建立压缩档案
-x：解压
-t：查看内容
-r：向压缩归档文件末尾追加文件
-u：更新原压缩包中的文件
这五个是独立的命令，压缩解压都要用到其中一个，可以和别的命令连用但只能用其中一个。下面的参数是根据需要在压缩或解压档案时可选的。
下面的参数-f是必须的
常见解压/压缩命令
chown将指定文件的拥有者改为指定的用户或组，用户可以是用户名或者用户ID；组可以是组名或者组ID；文件是以空格分开的要改变权限的文件列表，支持通配符。
常用参数：
实例：
显示磁盘空间使用情况。获取硬盘被占用了多少空间，目前还剩下多少空间等信息，如果没有文件名被指定，则所有当前被挂载的文件系统的可用空间将被显示。默认情况下，磁盘空间将以 1KB 为单位进行显示，除非环境变量 POSIXLY_CORRECT 被指定，那样将以512字节为单位进行显示。
常用参数：
实例：
du命令也是查看使用空间的，但是与df命令不同的是，du能看到的文件只是一些当前存在的，没有被删除的，他计算的大小就是当前他认为存在的所有文件大小的累加和。du命令是对文件和目录磁盘使用的空间的查看。
常用参数：
实例：
ln命令用于将一个文件创建链接,链接分为软链接和硬链接，命令默认使用硬链接。当在不同目录需要该文件时，就不需要为每一个目录创建同样的文件，通过ln创建的链接（link）减少磁盘占用量。
软链接：
硬链接:
需要注意：
常用参数：
实例：
显示或设定系统的日期与时间
命令参数：
实例：
可以用户显示公历（阳历）日历，如只有一个参数，则表示年份(1-9999)，如有两个参数，则表示月份和年份。
常用参数：
实例：
强大的文本搜索命令，grep(Global Regular Expression Print)全局正则表达式搜索。
grep的工作方式是这样的，它在一个或多个文件中搜索字符串模板。如果模板包括空格，则必须被引用，模板后的所有字符串被看作文件名。搜索的结果被送到标准输出，不影响原文件内容。
命令格式：
grep [option] pattern file|dir
常用参数：
实例：
wc(word count)功能为统计指定的文件中字节数、字数、行数，并将统计结果输出。
命令格式：
wc [option] file..
命令参数：
实例：
ps(process status)，用来查看当前运行的进程状态，一次性查看，如果需要动态连续结果使用top。
linux上进程有5种状态:
ps工具标识进程的5种状态码：
命令参数：
实例：
显示当前系统正在执行的进程的相关信息，包括进程ID、内存占用率、CPU占用率等。
常用参数：
发送指定的信号到相应进程。不指定型号将发送SIGTERM（15）终止指定进程。如果无法终止该程序可用“-KILL” 参数，其发送的信号为SIGKILL(9) ，将强制结束进程，使用ps命令或者jobs 命令可以查看进程号。root用户将影响用户的进程，非root用户只能影响自己的进程。
常用参数：
实例：
显示系统内存使用情况，包括物理内存、交互区内存(swap)和内核缓冲区内存。
命令参数：
实例：
Netstat 是一款命令行工具，可用于列出系统上所有的网络套接字连接情况，包括 tcp, udp 以及 unix 套接字，另外它还能列出处于监听状态（即等待接入请求）的套接字。如果你想确认系统上的 Web 服务有没有起来，你可以查看80端口有没有打开。以上功能使 netstat 成为网管和系统管理员的必备利器。
命令参数：
实例
常用指令
ls 显示文件或目录
-l 列出文件详细信息l(list)
-a 列出当前目录下所有文件及目录，包括隐藏的a(all)
mkdir 创建目录
-p 创建目录，若无父目录，则创建p(parent)
cd 切换目录
touch 创建空文件
echo 创建带有内容的文件。
cat 查看文件内容
cp 拷贝
mv 移动或重命名
rm 删除文件
-r 递归删除，可删除子目录及文件
-f 强制删除
find 在文件系统中搜索某文件
wc 统计文本中行数、字数、字符数
grep 在文本文件中查找某个字符串
rmdir 删除空目录
tree 树形结构显示目录，需要安装tree包
pwd 显示当前目录
ln 创建链接文件
more、less 分页显示文本文件内容
head、tail 显示文件头、尾内容
ctrl+alt+F1 命令行全屏模式
系统管理命令
stat 显示指定文件的详细信息，比ls更详细
who 显示在线登陆用户
whoami 显示当前操作用户
hostname 显示主机名
uname 显示系统信息
top 动态显示当前耗费资源最多进程信息
ps 显示瞬间进程状态 ps -aux
du 查看目录大小 du -h /home带有单位显示目录信息
df 查看磁盘大小 df -h 带有单位显示磁盘信息
ifconfig 查看网络情况
ping 测试网络连通
netstat 显示网络状态信息
man 命令不会用了，找男人 如：man ls
clear 清屏
alias 对命令重命名 如：alias showmeit="ps -aux" ，另外解除使用unaliax showmeit
kill 杀死进程，可以先用ps 或 top命令查看进程的id，然后再用kill命令杀死进程。
打包压缩相关命令
gzip：
bzip2：
tar: 打包压缩
-c 归档文件
-x 压缩文件
-z gzip压缩文件
-j bzip2压缩文件
-v 显示压缩或解压缩过程 v(view)
-f 使用档名
例：
tar -cvf /home/abc.tar /home/abc 只打包，不压缩
tar -zcvf /home/abc.tar.gz /home/abc 打包，并用gzip压缩
tar -jcvf /home/abc.tar.bz2 /home/abc 打包，并用bzip2压缩
当然，如果想解压缩，就直接替换上面的命令 tar -cvf / tar -zcvf / tar -jcvf 中的“c” 换成“x” 就可以了。
关机/重启机器
shutdown
-r 关机重启
-h 关机不重启
now 立刻关机
halt 关机
reboot 重启
ls会列举出当前工作目录的内容（文件或文件夹）。
mkdir 用于新建一个新目录
显示当前工作目录
切换文件路径，cd 将给定的文件夹（或目录）设置成当前工作目录。
删除给定的目录。
rm 会删除给定的文件
cp 命令对文件进行复制
mv 命令对文件或文件夹进行移动，如果文件或文件夹存在于当前工作目录，还可以对文件或文件夹进行重命名。
cat 用于在标准输出（监控器或屏幕）上查看文件内容
ail 默认在标准输出上显示给定文件的最后10行内容，可以使用tail -n N 指定在标准输出上显示文件的最后N行内容。
less 按页或按窗口打印文件内容。在查看包含大量文本数据的大文件时是非常有用和高效的。你可以使用Ctrl+F向前翻页，Ctrl+B向后翻页。
grep 在给定的文件中搜寻指定的字符串。grep -i “” 在搜寻时会忽略字符串的大小写，而grep -r “” 则会在当前工作目录的文件中递归搜寻指定的字符串。
这个命令会在给定位置搜寻与条件匹配的文件。你可以使用find -name 的-name选项来进行区分大小写的搜寻，find -iname 来进行不区分大小写的搜寻。
tar命令能创建、查看和提取tar压缩文件。tar -cvf 是创建对应压缩文件，tar -tvf 来查看对应压缩文件，tar -xvf 来提取对应压缩文件。
gzip 命令创建和提取gzip压缩文件，还可以用gzip -d 来提取压缩文件。
unzip 对gzip文档进行解压。在解压之前，可以使用unzip -l 命令查看文件内容。
help会在终端列出所有可用的命令,可以使用任何命令的-h或-help选项来查看该命令的具体用法。图就省略啦，会有详细列表显示出来的。
whatis 会用单行来描述给定的命令，就是解释当前命令。
exit用于结束当前的终端会话。
ping 通过发送数据包ping远程主机(服务器)，常用与检测网络连接和服务器状态。
who能列出当前登录的用户名。
su 用于切换不同的用户。即使没有使用密码，超级用户也能切换到其它用户。
uname会显示出关于系统的重要信息，如内核名称、主机名、内核版本、处理机类型等等，使用uname -a可以查看所有信息。
df查看文件系统中磁盘的使用情况–硬盘已用和可用的存储空间以及其它存储设备。你可以使用df -h将结果以人类可读的方式显示。
ps显示系统的运行进程。
top命令会默认按照CPU的占用情况，显示占用量较大的进程,可以使用top -u 查看某个用户的CPU使用排名情况。
shutdown用于关闭计算机，而shutdown -r用于重启计算机。这个我就不试了......
linux常用命令如下：
1、查看内核版本：uname -a。
2、控制台-》图形界面：init 5或者startx。
3、图形界面-》控制台: init3或者直接注销。
4、如何查看ip地址：ifconfig。
5、配置ip:ifconfig eth0 ip地址。
6、重启：reboot 或者 shutdown -r now。
7、普通用户切换到系统用户:su。
8、注销用户指令：logout。
linux的学习技巧：
如果你想系统的学习Linux，你必需清楚的认识到这一点。如果你真正想系统的学习linux，想用Linux有所作为，那么请忘记Windows的思维方式，思想性的转变比暂时性的技术提高更有用， 而思想上的改变往往是受到我们行动所影响的，有不懂的问题就自己思考，查资料， 实在不会再去找别人的电脑去查，这样就加深了我每次对问题的理解，慢慢感受和习惯Linux的操作方式。
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