一. 高亮的内容:
成都创新互联是一家专业提供盘龙企业网站建设,专注与成都网站设计、成都做网站、H5建站、小程序制作等业务。10年已为盘龙众多企业、政府机构等服务。创新互联专业网络公司优惠进行中。
需要高亮的内容有:
1. 关键字, 如 public, int, true 等.
2. 运算符, 如 +, -, *, /等
3. 数字
4. 高亮字符串, 如 "example of string"
5. 高亮单行注释
6. 高亮多行注释
二. 实现高亮的核心方法:
StyledDocument.setCharacterAttributes(int offset, int length, AttributeSet s, boolean replace)
三. 文本编辑器选择.
Java中提供的多行文本编辑器有: JTextComponent, JTextArea, JTextPane, JEditorPane等, 都可以使用. 但是因为语法着色中文本要使用多种风格的样式, 所以这些文本编辑器的document要使用StyledDocument.
JTextArea使用的是PlainDocument, 此document不能进行多种格式的着色.
JTextPane, JEditorPane使用的是StyledDocument, 默认就可以使用.
为了实现语法着色, 可以继承自DefaultStyledDocument, 设置其为这些文本编辑器的documet, 或者也可以直接使用JTextPane, JEditorPane来做. 为了方便, 这里就直接使用JTextPane了.
四. 何时进行着色.
当文本编辑器中有字符被插入或者删除时, 文本的内容就发生了变化, 这时检查, 进行着色.
为了监视到文本的内容发生了变化, 要给document添加一个DocumentListener监听器, 在他的removeUpdate和insertUpdate中进行着色处理.
而changedUpdate方法在文本的属性例如前景色, 背景色, 字体等风格改变时才会被调用.
@Override
public void changedUpdate(DocumentEvent e) {
}
@Override
public void insertUpdate(DocumentEvent e) {
try {
colouring((StyledDocument) e.getDocument(), e.getOffset(), e.getLength());
} catch (BadLocationException e1) {
e1.printStackTrace();
}
}
@Override
public void removeUpdate(DocumentEvent e) {
try {
// 因为删除后光标紧接着影响的单词两边, 所以长度就不需要了
colouring((StyledDocument) e.getDocument(), e.getOffset(), 0);
} catch (BadLocationException e1) {
e1.printStackTrace();
}
}
五. 着色范围:
pos: 指变化前光标的位置.
len: 指变化的字符数.
例如有关键字public, int
单词"publicint", 在"public"和"int"中插入一个空格后变成"public int", 一个单词变成了两个, 这时对"public" 和 "int"进行着色.
着色范围是public中p的位置和int中t的位置加1, 即是pos前面单词开始的下标和pos+len开始单词结束的下标. 所以上例中要着色的范围是"public int".
提供了方法indexOfWordStart来取得pos前单词开始的下标, 方法indexOfWordEnd来取得pos后单词结束的下标.
public int indexOfWordStart(Document doc, int pos) throws BadLocationException {
// 从pos开始向前找到第一个非单词字符.
for (; pos 0 isWordCharacter(doc, pos - 1); --pos);
return pos;
}
public int indexOfWordEnd(Document doc, int pos) throws BadLocationException {
// 从pos开始向前找到第一个非单词字符.
for (; isWordCharacter(doc, pos); ++pos);
return pos;
}
一个字符是单词的有效字符: 是字母, 数字, 下划线.
public boolean isWordCharacter(Document doc, int pos) throws BadLocationException {
char ch = getCharAt(doc, pos); // 取得在文档中pos位置处的字符
if (Character.isLetter(ch) || Character.isDigit(ch) || ch == '_') { return true; }
return false;
}
所以着色的范围是[start, end] :
int start = indexOfWordStart(doc, pos);
int end = indexOfWordEnd(doc, pos + len);
六. 关键字着色.
从着色范围的开始下标起进行判断, 如果是以字母开或者下划线开头, 则说明是单词, 那么先取得这个单词, 如果这个单词是关键字, 就进行关键字着色, 如果不是, 就进行普通的着色. 着色完这个单词后, 继续后面的着色处理. 已经着色过的字符, 就不再进行着色了.
public void colouring(StyledDocument doc, int pos, int len) throws BadLocationException {
// 取得插入或者删除后影响到的单词.
// 例如"public"在b后插入一个空格, 就变成了:"pub lic", 这时就有两个单词要处理:"pub"和"lic"
// 这时要取得的范围是pub中p前面的位置和lic中c后面的位置
int start = indexOfWordStart(doc, pos);
int end = indexOfWordEnd(doc, pos + len);
char ch;
while (start end) {
ch = getCharAt(doc, start);
if (Character.isLetter(ch) || ch == '_') {
// 如果是以字母或者下划线开头, 说明是单词
// pos为处理后的最后一个下标
start = colouringWord(doc, start);
} else {
//SwingUtilities.invokeLater(new ColouringTask(doc, pos, wordEnd - pos, normalStyle));
++start;
}
}
}
public int colouringWord(StyledDocument doc, int pos) throws BadLocationException {
int wordEnd = indexOfWordEnd(doc, pos);
String word = doc.getText(pos, wordEnd - pos); // 要进行着色的单词
if (keywords.contains(word)) {
// 如果是关键字, 就进行关键字的着色, 否则使用普通的着色.
// 这里有一点要注意, 在insertUpdate和removeUpdate的方法调用的过程中, 不能修改doc的属性.
// 但我们又要达到能够修改doc的属性, 所以把此任务放到这个方法的外面去执行.
// 实现这一目的, 可以使用新线程, 但放到swing的事件队列里去处理更轻便一点.
SwingUtilities.invokeLater(new ColouringTask(doc, pos, wordEnd - pos, keywordStyle));
} else {
SwingUtilities.invokeLater(new ColouringTask(doc, pos, wordEnd - pos, normalStyle));
}
return wordEnd;
}
因为在insertUpdate和removeUpdate方法中不能修改document的属性, 所以着色的任务放到这两个方法外面, 所以使用了SwingUtilities.invokeLater来实现.
private class ColouringTask implements Runnable {
private StyledDocument doc;
private Style style;
private int pos;
private int len;
public ColouringTask(StyledDocument doc, int pos, int len, Style style) {
this.doc = doc;
this.pos = pos;
this.len = len;
this.style = style;
}
public void run() {
try {
// 这里就是对字符进行着色
doc.setCharacterAttributes(pos, len, style, true);
} catch (Exception e) {}
}
}
七: 源码
关键字着色的完成代码如下, 可以直接编译运行. 对于数字, 运算符, 字符串等的着色处理在以后的教程中会继续进行详解.
import java.awt.Color;
import java.util.HashSet;
import java.util.Set;
import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JTextPane;
import javax.swing.SwingUtilities;
import javax.swing.event.DocumentEvent;
import javax.swing.event.DocumentListener;
import javax.swing.text.BadLocationException;
import javax.swing.text.Document;
import javax.swing.text.Style;
import javax.swing.text.StyleConstants;
import javax.swing.text.StyledDocument;
public class HighlightKeywordsDemo {
public static void main(String[] args) {
JFrame frame = new JFrame();
JTextPane editor = new JTextPane();
editor.getDocument().addDocumentListener(new SyntaxHighlighter(editor));
frame.getContentPane().add(editor);
frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
frame.setSize(500, 500);
frame.setVisible(true);
}
}
/**
* 当文本输入区的有字符插入或者删除时, 进行高亮.
*
* 要进行语法高亮, 文本输入组件的document要是styled document才行. 所以不要用JTextArea. 可以使用JTextPane.
*
* @author Biao
*
*/
class SyntaxHighlighter implements DocumentListener {
private SetString keywords;
private Style keywordStyle;
private Style normalStyle;
public SyntaxHighlighter(JTextPane editor) {
// 准备着色使用的样式
keywordStyle = ((StyledDocument) editor.getDocument()).addStyle("Keyword_Style", null);
normalStyle = ((StyledDocument) editor.getDocument()).addStyle("Keyword_Style", null);
StyleConstants.setForeground(keywordStyle, Color.RED);
StyleConstants.setForeground(normalStyle, Color.BLACK);
// 准备关键字
keywords = new HashSetString();
keywords.add("public");
keywords.add("protected");
keywords.add("private");
keywords.add("_int9");
keywords.add("float");
keywords.add("double");
}
public void colouring(StyledDocument doc, int pos, int len) throws BadLocationException {
// 取得插入或者删除后影响到的单词.
// 例如"public"在b后插入一个空格, 就变成了:"pub lic", 这时就有两个单词要处理:"pub"和"lic"
// 这时要取得的范围是pub中p前面的位置和lic中c后面的位置
int start = indexOfWordStart(doc, pos);
int end = indexOfWordEnd(doc, pos + len);
char ch;
while (start end) {
ch = getCharAt(doc, start);
if (Character.isLetter(ch) || ch == '_') {
// 如果是以字母或者下划线开头, 说明是单词
// pos为处理后的最后一个下标
start = colouringWord(doc, start);
} else {
SwingUtilities.invokeLater(new ColouringTask(doc, start, 1, normalStyle));
++start;
}
}
}
/**
* 对单词进行着色, 并返回单词结束的下标.
*
* @param doc
* @param pos
* @return
* @throws BadLocationException
*/
public int colouringWord(StyledDocument doc, int pos) throws BadLocationException {
int wordEnd = indexOfWordEnd(doc, pos);
String word = doc.getText(pos, wordEnd - pos);
if (keywords.contains(word)) {
// 如果是关键字, 就进行关键字的着色, 否则使用普通的着色.
// 这里有一点要注意, 在insertUpdate和removeUpdate的方法调用的过程中, 不能修改doc的属性.
// 但我们又要达到能够修改doc的属性, 所以把此任务放到这个方法的外面去执行.
// 实现这一目的, 可以使用新线程, 但放到swing的事件队列里去处理更轻便一点.
SwingUtilities.invokeLater(new ColouringTask(doc, pos, wordEnd - pos, keywordStyle));
} else {
SwingUtilities.invokeLater(new ColouringTask(doc, pos, wordEnd - pos, normalStyle));
}
return wordEnd;
}
/**
* 取得在文档中下标在pos处的字符.
*
* 如果pos为doc.getLength(), 返回的是一个文档的结束符, 不会抛出异常. 如果pos0, 则会抛出异常.
* 所以pos的有效值是[0, doc.getLength()]
*
* @param doc
* @param pos
* @return
* @throws BadLocationException
*/
public char getCharAt(Document doc, int pos) throws BadLocationException {
return doc.getText(pos, 1).charAt(0);
}
/**
* 取得下标为pos时, 它所在的单词开始的下标. ±wor^d± (^表示pos, ±表示开始或结束的下标)
*
* @param doc
* @param pos
* @return
* @throws BadLocationException
*/
public int indexOfWordStart(Document doc, int pos) throws BadLocationException {
// 从pos开始向前找到第一个非单词字符.
for (; pos 0 isWordCharacter(doc, pos - 1); --pos);
return pos;
}
/**
* 取得下标为pos时, 它所在的单词结束的下标. ±wor^d± (^表示pos, ±表示开始或结束的下标)
*
* @param doc
* @param pos
* @return
* @throws BadLocationException
*/
public int indexOfWordEnd(Document doc, int pos) throws BadLocationException {
// 从pos开始向前找到第一个非单词字符.
for (; isWordCharacter(doc, pos); ++pos);
return pos;
}
/**
* 如果一个字符是字母, 数字, 下划线, 则返回true.
*
* @param doc
* @param pos
* @return
* @throws BadLocationException
*/
public boolean isWordCharacter(Document doc, int pos) throws BadLocationException {
char ch = getCharAt(doc, pos);
if (Character.isLetter(ch) || Character.isDigit(ch) || ch == '_') { return true; }
return false;
}
@Override
public void changedUpdate(DocumentEvent e) {
}
@Override
public void insertUpdate(DocumentEvent e) {
try {
colouring((StyledDocument) e.getDocument(), e.getOffset(), e.getLength());
} catch (BadLocationException e1) {
e1.printStackTrace();
}
}
@Override
public void removeUpdate(DocumentEvent e) {
try {
// 因为删除后光标紧接着影响的单词两边, 所以长度就不需要了
colouring((StyledDocument) e.getDocument(), e.getOffset(), 0);
} catch (BadLocationException e1) {
e1.printStackTrace();
}
}
/**
* 完成着色任务
*
* @author Biao
*
*/
private class ColouringTask implements Runnable {
private StyledDocument doc;
private Style style;
private int pos;
private int len;
public ColouringTask(StyledDocument doc, int pos, int len, Style style) {
this.doc = doc;
this.pos = pos;
this.len = len;
this.style = style;
}
public void run() {
try {
// 这里就是对字符进行着色
doc.setCharacterAttributes(pos, len, style, true);
} catch (Exception e) {}
}
}
}
这个最好不要用Java做 （性能很差）如果不用PS的话 用C++来做图形修改吧
java是编程语言里比较难学的一门，如果有心从事编程方向的工作，最好到专业机构学习并有更多的项目实践，更贴近市场，这样更有利于将来的发展。
每一列的排法有3×2×1=6（种），故最少需要6+1=7（列）才能保证至少有两列染色方式相同。
用递归还行内存没有溢出，实在不想10次循环。print实在不是可行的方法最好还是写文件速度比较快。
public class TestDffdsdf {
public static void main(String[] args) {
// TODO Auto-generated method stub
LinkedListString list=new LinkedListString();
String[] a={"A","B","C","D"};
aaa(a,0,"",list);
for(String s:list)
System.out.println(s);
}
public static void aaa(String[] a,int i,String s,ListString list){
if(i10){
for(int t=0;ta.length;t++)
aaa(a,i+1,s+a[t],list);
}else
list.add(s);
}
扩展资料：
当编辑并运行一个Java程序时，需要同时涉及到这四种方面。使用文字编辑软件（例如记事本、写字板、UltraEdit等）或集成开发环境（Eclipse、MyEclipse等）在Java源文件中定义不同的类；
通过调用类（这些类实现了Java API）中的方法来访问资源系统，把源文件编译生成一种二进制中间码，存储在class文件中，然后再通过运行与操作系统平台环境相对应的Java虚拟机来运行class文件，执行编译产生的字节码，调用class文件中实现的方法来满足程序的Java API调用。
参考资料来源：百度百科-Java
ChromHMM是基于ChIP-seq组蛋白数据检测染色质状态的工具。
基因组区域特定的组蛋白修饰或修饰的组合具有特定的功能。
特定标记的区域和作用：
获取上述标记区域的方式通常是call peak， 但是，理想的情况下需要获取多个组蛋白标记的整合结果。ChromHMM是一个基于HMM模型的用于检测染色质状态的java软件。
Chromatin states的定义基于组蛋白修饰的不同组合和对应的不同功能区域。
其目的是将基因组区分为具有生物学功能的区域或片段。
以下为染色质segment的案例：
一、如何使用ChromHMM
（1）使用环境： java
（2）reads比对后的文件
如果自己进行分析，还需要： 比对软件和bedtools
二、使用流程如下：
1、测序获取reads
2、 reads比对到参考基因组
3、 转换aligned reads为BED格式
4、 创建Binned和Binarized tracks
5、 训练模型
6、 infer the states
7、 解读
三、具体操作步骤
（1） Alignment
多种短序列比对软件可用，BWA、Bowtie2等
（2） 比对reads转换为BED格式
bedtools bamtobed -i sample.bam sample.bed
（3） 创建Binned and Binarized Tracks
java –mx4000M –jar ChromHMM.jar BinarizeBed –b 200 CHROMSIZES/hg18 cellmarkfiletable.txt SAMPLEDATA_HG18
其中，cellmarkfiletable.txt记录多个样本的修饰BED数据，例如：
cell1 mark1 cell1_mark1.bed cell1_control.bed
cell1 mark2 cell1_mark2.bed cell1_control.bed
cell2 mark1 cell2_mark1.bed cell2_control.bed
cell2 mark2 cell2_mark2.bed cell2_control.bed
（4）训练模型并segment基因组
java -mx1600M -jar ChromHMM.jar LearnModel SAMPLEDATA_HG19 OUTPUTSAMPLE 10 hg19
ChromHMM的输出：
生成HTML报告 webpage_N.html （N是状态）
包含信息如下：
1. Model learned: transi-on and emission parameters
2. Enriched func-onal categories
3. BED files to visualize the segmenta-on
可视化segmentation：
Genome Browser: https ://genome.ucsc.edu/
IGV: https ://
其他参考 ：
1. Segway: https ://pmgenomics.ca/ho ffmanlab/proj/segway/
2. Spectacle: https ://github.com/jiminsong/Spectacle
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