这篇文章将为大家详细讲解有关exoRBase数据库怎么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。
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exosome翻译为外泌体,是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡,属于细胞外囊泡的一种,含有不同种类的RNA,可以调节受体细胞的行为,并且可以作为疾病的循环生物标记物,在血液,唾液,尿液等多种体液中都广泛存在。
exoRBase是一个人类血液外泌体中RNA的数据库,网址如下
http://www.exorbase.org/
从GEO数据库中收集血液外泌体的转录组测序数据,共收集了来自6个实验共87个样本的数据,每组实验的样本类型都不同,
normal persons(NP)
coronary heart disease(CHD)
colorectal cancer(CRC)
hepatocellular carcinoma(HCC)
pancreatic adenocarcinoma(PAAD)
breast cancer(BC)
另外,又补充了5个人类全血样本,不同类型样本的数量汇总如下
对于这92个样本的数据,采用如下所示的pipeline分析其中的RNA
对于测序的原始数据,首先采用trimmomatic软件去除adapter和低质量序列,然后用hisat2将clean reads比对hg38基因组,采用featurecounts软件对mRNA和lncRNA进行定量,采用TPM来归一化表达量。
对于circRNA,采用ACFs和find_circ两款软件同时预测,取两个结果的交集作为最终结果,定量时采用RPM来归一化表达量。
在以上分析结果的基础上,又通过在pubmed数据库中检索外泌体RNA相关文献,新增了部分RNA数据,所有来源的RNA数量汇总如下
对于mRNA和lncRNA, 结合GTEx项目中的不同组织的表达谱数据,计算了其组织特异性。
通过导航栏的Browse
菜单,可以查看外泌体中的各种RNA信息,示意如下
通过导航栏的Search
菜单,可以方便的检索该数据库,示意如下
该数据库针对外泌体中的RNA进行研究,其构建的思路值得借鉴。
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