网站结构设计是网站设计的重要组成部分。在内容设计完成之后，网站的目标及内容主题等有关问题已经确定。结构设计要做的事情就是如何将内容划分为清晰合理的层次体系，比如栏目的划分及其关系、网页的层次及其关系、链接的路径设置、功能在网页上的分配等等，以上这些都仅仅是前台结构设计，而前台结构设计的实现需要强大的后台支撑，后台也应有良好的结构设计以保证前台结构设计的实现。显然网站的结构设计是体现内容设计与创意设计的关键环节。
网站物理结构，就是指网站的实际目录结构，网站物理结构，分为网站扁平结构和网站树形结构。 扁平结构：扁平结构的网站，就是指所有的网页都在根目录下。多用于建设一些中小型企业网站。优点：有利于搜索引擎抓取。缺点：内容杂乱，用户体验不好。
树形结构：树形结构的网站，就是网站根目录下有多个分类，就是给网站设立栏目或者频道。树形结构的网站一般适合类别多，内容量大的网站，像资讯站，电子商务网站等等。优点：分类详细，用户体验好。缺点：分类越深，不利于搜索引擎抓取内容。
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